行天宮為落實 恩主公濟世救人的醫療志業,民國70年信徒大會中即有眾多信徒提出興建醫院的建議。經數年的籌劃,民國79年10月行天宮董事會通過醫院興建案,購買三峽鎮恩主公醫院現址作為建院用地。同年12月行天宮成立附設醫院籌建委員會,並於民國80年1月向行政院衛生署申請設立『財團法人恩主公醫院』。
民國81年10月獲衛生署醫事審議委員會通過。民國81年11月召開第一次董事會議,推選黃忠臣先生擔任董事長,開始積極展開醫院籌建工作。民國83年11月醫院正式開工興建,民國86年初夏完成醫院結構工程,並繼續展開院內軟硬體整合工作。院內所有員工無不全力投入相當心血,直至同年年底方告竣工。
民國87年2月本院第一次參與衛生署舉辦醫院暨教學醫院評鑑,獲評為地區教學醫院,再經一年的努力,於隔年3月再次參與評鑑,升格為區域教學醫院。以恩主公醫院如此年輕的醫院而言,全院同仁的努力使得醫院的聲譽不斷的上升,實為不易。
本院另設有宿舍大樓,並備有休閒健身運動設施及嚴密之安全管理,以提供員工舒適及安全之住宿空間。為提供員工良好的工作環境與提昇完善的照護品質,本著「以人為本,視病猶親」之服務理念,期使恩主公醫院成為三鶯地區、北二高沿線,並屬於新北市及桃園縣市的第一選擇醫院。
財團法人恩主公醫院為一棟地4下層地上17層之建築。總樓板面積39,975平方公尺,平均每床63.7平方公尺(扣除非醫療用地),座落於新北市三峽區復興路399號,登記床位數計507床,其中一般病床312床;特殊病床158床;慢性病床37床。
另斥資三億元在鄰近院區的中山路新建「中山醫療大樓」於2011年7月正式啟用,除新成立中醫部,並擴充既有的牙科、早期療育中心和精神科日間照護中心。
中山醫療大樓是為地上五層、地下二層建築,二樓中醫部是新成立的傳統醫學科別,設有四個科別、八間診間,包括內科、婦兒科、骨傷科及針灸科,提供三峽、鶯歌、土城、樹林和桃園地區民眾更多元的醫療服務。
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